总分包管理相关费用产生于建设工程施工的全过程，分包单位上缴总包单位管理费用的高低往往决定了分包工程开展的顺利与否。下面就不同施工时段各项费用的组成与支付标准作一简单分析。
1、前期费用
一类是办理开工手续所发生的相关费用，包括办理施工许可证的相关费用：以桐乡为例，按合同造价比率计取的有0.3‰的定额测定费、0.15‰的交易费、0.8‰的建工险，合计为合同造价的1.25‰。按建筑面积计取的有0.6元/平米的生活垃圾清运费，1元/平米的环保超声排放费，合计为1.6元/平米。以上费用合计约为工程总造价的0.3%。按定额组成划分，前期费用应划入规费中。
另一类是前期缴纳的履约保证金所产生的资金占用费计其它费用。
2、中期费用
即施工过程中发生的相关费用，包括公司代扣代缴费用、现场统一支出费用、现场配合费用、公司管理费用及现场整体优化费用。
1）公司代扣代缴费用：主要为税费，其中建筑税为3.43%，个人调节税为0.8%（200万以上施工产值按0.5%上缴）。上述费用由总包单位缴纳后提供完税证明。
2）现场统一支出的费用，主要包括以下内容：
文明施工费：绿化、冲洗设施、橱窗等整体支出费用。
安全防护费：临街防护及除分包单位个人防护用品以外的所有费用。
临时设施费：办公室、仓库、围墙、道路、场地等。
上述费用合计约为工程总造价的1～3%。因分包单位造价中已包含此类费用（桐乡规定公开招投标工程必须计取此安全防护、文明施工措施费，费率按工程类型及造价不同分为2.8%、2.6%、2.3%、1%等），故此类费用应由总包单位与分包单位按造价比率分摊。
3）现场配合费用，主要包括以下内容：
工程整体进度、质量、安全的协调与控制所产生的管理费用。
资料汇总：总包单位只负责资料汇总而非资料收集整理，作为一个有资质合格的分包单位，资料收集整理是其所应具备的基本素质，理论上其专业整理水平比总包单位高，且资料应是分包单位实际施工情况的真实反映，所以资料收集整理是分包单位的职责所在。
交叉施工影响与协调：包括正常的二次修补、工效、机效降低、非正常的二次修补，原则上由分包单位自行按标准修补。
整体标高与尺寸的控制：含门窗边加固等非结构性修补。
相关预留预埋造成的工效、机效降低及材料损耗。
上述费用合计约为工程总造价的0.5～3%。
这里要明确一个概念，就是施工过程中始终应该是分包单位配合总包单位施工，总包单位仅仅在硬件上给以分包单位施工带来方便，不能本末倒置。
4）总包单位公司管理费用，主要包括以下内容：
行政工资：约总包单位总产值的1%。
行政开支、财务费用：含民工工资保证金、投标保证金等各类保证金所产生的费用。
企业所得税：建筑业企业平均利润为2%，则所得税为0.5%）。
资产折旧费用等其它费用。
上述费用合计约为工程总造价的2.25%。
5）现场整体优化费用：即通过优化使工程整体效益提高，避免分包单位产生二次投入而造成总包单位多投入的费用。主要包括以下内容：
施工水电费用：若分包单位自行铺设符合三级防护要求的水电干线及设备，其投入额约为分包工程造价的5%，消耗额约为分包工程造价的2%；水电费约为分包工程造价的0.2%～1.5%，建议若分包单位利用总包单位水电设施时向其收取1～2%的水电费，切忌装表计量。
脚手架使用费：总包单位土建项目部所搭设的脚手架主要用于文明施工及基本的粉刷用途，一般未考虑也不用考虑幕墙等外墙装饰施工、电梯安装等的特殊需要，分包单位施工时往往需重新搭设脚手架，造成整个工程脚手架费用增加。考虑工程整体成本，则脚手架由总包单位土建项目部搭设，因特殊搭设需要增加费用及租金支出应由分包单位承担，搭设人工酌情分摊。
机械使用费：土建所配置的施工机械主要土建施工阶段，而分包单位往往有大量的设备需要利用土建方的大型起重设备，否则，垂直运输费用会大幅增加。考虑工程整体成本，则机械设备由土建方提供，因此增加费用及租金支出应由分包单位承担。
周转材料破损费用：按定额组成来讲，分包单位的造价中包含预埋套管的费用，但预埋套管实际施工时往往埋设位置很难掌握，所以分包单位一般直接在模板上开洞以保证后期施工，此类费用应由分包单位承担。
上述费用中施工水电费用、周转材料破损费用包含在分包工程直接费中，脚手架使用费、机械使用费包含在分包工程措施费中，此类费用一般为分包工程总价的1.5～6%。需要说明的是建设单位往往将此类费用归纳为配合费，这种思路是绝对不正确的。
3、后期费用
验收费用、创优创杯费用及工程总体整改费用。
综上所述，分包单位向总包单位支付分包工程总价的10.3～17.3%（含税金）的各项费用是比较合理的。从另一个角度看，总分包双方也只有收取及支付了相关的费用，整个建设工程的各项目标才能顺利实现。
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